Pasan dos años después de que Naruto y Sakura se fueran a entrenar cada uno con su maestro sannin, en este caso, Naruto se fue con Jiraya y Sakura con Tsunade. Ya tienen 14 años y son unos geniales ninjas, Naruto ha aprendido muchas técnicas nuevas y ha perfeccionado el Kage Bunshin aparte de otras que ya las verán a lo largo de la serie, más una técnica secreta. Sakura ha aprendido todo sobre la medicina ninja, y se ha convertido en una ninja médico. Los otros personajes sin olvidarlos, también han evolucionado subiendo de rango de ninja (todos menos Naruto) y también los temas amorosos, Shikamaru ya tiene novia. Pero durante esos 2 años, los Akatsuki se han preparado para lo que viene. Empiezan a mover ficha yendo a buscar a los 9 demonios de chakra legendario (Kyubi, Shukaku de la arena y siete más) pues en esta segunda temporada, lo que va a tener mucha importancia serán los demonios legendarios y los Akatsuki, ya que se desvelarán los rostros de los miembros poco a poco.
Episodio 001 - 002 ""Vuelta a Casa.Akatsuki, Empieza la Acción""
Episodio 003 "Los Resultados del Entrenamiento"
Episodio 004 "El Jinchuuriki de la Arena!"
Episodio 005 "¡Como el Kazekage...!"
Episodio 006 - 007 "¡El Arte es una Explosión!"
Episodio 008 - 009 "¡El Equipo Kakashi se pone en Marcha!"
Episodio 010 "Técnica de Sellado: Los Nueve Sellos del Dragón Fantasma"
Episodio 011 "La Alumna de la Ninja Médico"
Episodio 012 "La Decisión de la Anciana Retirada"
Episodio 013 "Encuentros del Destino"
Episodio 014 "La Madurez de Naruto"
Episodio 015 "¡El Nombre del Orbe Oculto...!"
Episodio 016 "El Secreto que alberga un Jinchuuriki"
Episodio 017 "La Muerte de Gaara!"
Episodio 018 "¡Forzando la Entrada! Asalto Relámpago!"
Episodio 019 "¡Salta la Trampa! Los Enemigos del Equipo Gai"
Episodio 020 "Hiruko vs. Las Dos Mujeres Ninja"
Episodio 021 "El Rostro de Sasori "
Episodio 022 - 023 "Batalla de Primavera!"
Episodio 024 "El Tercer Kazekage"
Episodio 025 "Tres Minutos entre la Vida y la Muerte"
Episodio 026 "10 Marionetas vs. 100 Marionetas"
Episodio 027 "El Sueño Irrealizable"
Episodio 028 "La Resurrección de las Bestias"
Episodio 029 - 030 "¡Arrojado a una Próxima Dimensión!"
Episodio 031 "La Próxima Generación"
Episodio 032 "El Regreso del Kazekage"
Temporada 2 [2007 - 2008]
Episodio 033 "El Próximo Objetivo"
Episodio 034 "¡El Nuevo Equipo Kakashi es Formado!"
Episodio 035 "Una Adición no deseada"
Episodio 036 - 037 "¡El Nuevo Equipo Kakashi Parte!"
Episodio 038 "Simulación"
Episodio 039 "El Puente del Cielo y de la Tierra"
Episodio 040 - 041 "¡El Tiempo para Luchar ha llegado!"
Episodio 042 "Orochimaru vs. Jinchuuriki"
Episodio 043 "Las Lágrimas de Sakura"
Episodio 044 "La Verdad sobre la Pelea"
Episodio 045 "La Consecuencia de la Traición"
Episodio 046 "La Página Inconclusa"
Episodio 047 "¡Infiltración! El Venenoso Nido de Serpientes"
Episodio 048 "Lazos"
Episodio 049 "Persona Importante"
Episodio 050 "La Historia del Libro de Dibujos"
Episodio 051 - 052 "'La Esperada Aparición de Sasuke!"
Episodio 053 "¡Las Hojas Germinan!"
Temporada 3 [2008]
Episodio 054 "Pesadilla"
Episodio 055 "Viento"
Episodio 056 "Retorcerse"
Episodio 057 - 058 "¡Garras en Forma de Garfio que Cortan la Oscuridad! El Viento Fuerte que Trae el Pasado "
Episodio 059 "Un Nuevo Enemigo"
Episodio 060 "Rueda de la Fortuna"
Episodio 061 "Contacto"
Episodio 062 "Compañero de Equipo"
Episodio 063 "Los Dos Reyes"
Episodio 064 - 065 "¡Konoha, Completamente Encerrada! La Guardia Estricta"
Episodio 066 "Almas Resucitadas"
Episodio 067 "Múltiples Combates a Muerte"
Episodio 069 - 069 "¡Chakra Rojo! Destrucción y Furia"
Episodio 070 "Resonancia"
Episodio 071 "Mi Amigo"
Temporada 4 [2008]
Episodio 072 "La Amenaza Próxima"
Episodio 073 "Invasión de Akatsuki "
Episodio 074 "Bajo un Cielo Estrellado "
Episodio 075 "El Rezo del Viejo Monje "
Episodio 076 - 077 "Ruta de Colisión! Akatsuki vs. Equipo Asuma"
Episodio 078 - 079 "¡Asuma Muere!"
Episodio 080 "Últimas Palabras"
Episodio 081 "Noticias Devastadoras"
Episodio 082 "El Equipo 10"
Episodio 083 "Objetivo Fijado"
Episodio 084 "La Habilidad de Kakuzu"
Episodio 085 "El Secreto Aterrador"
Episodio 086 - 087 "¡La Voluntad de Fuego es Pasada, una Nueva Técnica Brota!"
Episodio 088 "Elemento Viento: Shuriken de Espiral"
Temporada 5 [2008 - 2009]
Episodio 089 "El Precio del Poder"
Episodio 090 "La Determinación de un Shinobi"
Episodio 091 "Descubrimiento - La Guarida de Orochimaru"
Episodio 092 "Encuentro "
Episodio 093 "Corazones que se Comunican"
Episodio 094 "Una Noche Lluviosa"
Episodio 095 "Los Dos Amuletos"
Episodio 096 "El Enemigo Oculto"
Episodio 097 "El Laberinto de los Reflejos Distorsionados"
Episodio 098 "El Objetivo Aparece"
Episodio 099 "Un Bijuu Enfurecido"
Episodio 100 "Dentro de la Niebla"
Episodio 101 "Los Sentimientos de Todos"
Episodio 102 "¡Reagrupación!"
Episodio 103 "La Barrera de Sellado de Cuatro Esquinas"
Episodio 104 "Elemento Cristal Destruido"
Episodio 105 "La Batalla por la Barrera"
Episodio 106 "La Camelia Roja"
Episodio 107 "Extraños Aliados"
Episodio 108 "La Guía de las Camelias"
Episodio 109 "El Contraataque del Sello Maldito"
Episodio 110 "Memoria de Culpa"
Episodio 111 "La Promesa Rota"
Episodio 112 "Un Lugar al cual Regresar"
Temporada 6 [2009]
Episodio 113 "El Pupilo de la Serpiente"
Episodio 114 "El Ojo del Halcón"
Episodio 115 "La Gran Espada de Zabuza"
Episodio 116 "El Guardián del Muro de Hierro"
Episodio 117 "Juugo de la Guarida del Norte"
Episodio 118 "¡Formación!"
Episodio 119 - 120 "Kakashi Gaiden - ¡El Campo de Batalla de la Vida de un Chico!"
Episodio 121 "En Marcha"
Episodio 122 "Búsqueda"
Episodio 123 "¡Enfrentamiento!"
Episodio 124 "Arte"
Episodio 125 "Desaparición"
Episodio 126 "Crepúsculo"
Episodio 127 - 128 "El Relato de un Ninja Intrépido - Las Crónicas del Ninja Jiraiya"
Episodio 129 - 130 "Invadiendo la Aldea de la Lluvia! La Decisión de Jiraiya"
Episodio 131 "¡Activar! Modo Ermitaño"
Episodio 132 "Conociendo los Seis Caminos de Pain"
Episodio 133 "El Relato del Valiente Jiraiya"
Episodio 134 "Una Invitación a la Fiesta"
Episodio 135 - 136 "Fin del Ciclo! La Reunión de los Hermanos"
Episodio 137 "Amaterasu"
Episodio 138 "Fallecimiento"
Episodio 139 "El Misterio de Tobi"
Episodio 140 "Destino"
Episodio 141 "Verdad"
Temporada 7 [2010]
Episodio 142 "La Batalla en el Cañón de las Tormentas"
Episodio 143 "Sasuke vs. Hachibi"
Episodio 144 "Trotamundos"
Episodio 145 "Sucesor de la Técnica Prohibida"
Episodio 146 "Los Sentimientos del Sucesor"
Episodio 147 "El Pasado del Ninja Desertor"
Episodio 148 "La Sucesora de la Oscuridad"
Episodio 149 "Despedida"
Episodio 150 "Activar la Técnica Prohibida "
Episodio 151 "Estudiante y Maestro"
Episodio 152 - 153 "¡Las lágrimas de Naruto! - La promesa de volver"
Episodio 154 - 155 "Siguiendo los pasos del maestro - ¡Comienza el entrenamiento ermitaño!"
Episodio 156 "Superando al maestro"
Episodio 157 "¡Atacando a Konoha!"
Episodio 158 "El poder de la fe"
Episodio 159 "¡Kakashi vs Pain!"
Episodio 160 "El misterio de Pain"
Episodio 161 "Mi nombre es Konohamaru Sarutobi"
Episodio 162 "El mundo tiene que sentir el dolor"
Episodio 163 "¡Explosión! ¡Modo ermitaño!"
Episodio 164 "¡Problemas! El modo ermitaño desaparece"
Episodio 165 "La misión de capturar al nueve colas está completa"
Episodio 166 "Confesión"
Episodio 167 "Chibaku Tensei"
Episodio 168 "El cuarto Hokage"
Episodio 169 "Los dos discípulos"
Episodio 170 - 171 "¡La gran aventura! Descubre la herencia dejada por el cuarto Hokage"
Episodio 172 "Reunion"
Episodio 173 "El nacimiento de Pain"
Episodio 174 "La historia de Naruto Uzumaki"
Episodio 175 "El heroe de Konoha"
Episodio 176 "Iruka, el maestro novato"
Episodio 177 "El examen de Iruka"
Episodio 178 "La Determinación de Iruka"
Episodio 179 "Hatake Kakashi, Jounin a Cargo"
Episodio 180 "El Coraje de Inari Puesto a Prueba"
Episodio 181 "Naruto, Lecciones de Venganza"
Episodio 182 "Los 'Lazos' de Gaara"
Episodio 183 "El Comienzo de Naruto"
Episodio 184 "¡Partida! Equipo Tenten"
Episodio 185 "La Tierra Animal de Nadie"
Episodio 186 "Ah, Pastilla Medicinal de Juventud"
Episodio 187 "El Relato del Maestro Intrépido y Estudiante Ninja Parte 1"
Episodio 188 "El Relato del Maestro Intrépido y Estudiante Ninja Parte 2"
Episodio 189 "La enciclopedia de la garra de Sasuke"
Episodio 190 "Naruto y el viejo soldado"
Episodio 191 "Kakashi, Cancion de amor"
Episodio 192 "Las crónicas de Neji"
Episodio 193 "El hombre que murió dos veces"
Episodio 194 "La peor carrera de tres piernas"
Episodio 195 "Cooperación, Equipo 10"
Episodio 196 "Apresurarse en la oscuridad"
Episodio 197 - 198 "Empiezan a moverse! Reunión Kage - Convocación de emergencia"
Episodio 199 "Entran los Cinco Kages"
Episodio 200 "La apelación de Naruto"
Episodio 201 "Una difícil decisión"
Episodio 202 "Tormenta eléctrica"
Episodio 203 "El camino ninja de Sasuke"
Episodio 204 "El poder de los Cinco Kages"
Episodio 205 "Declaración de Guerra"
Episodio 206 "Los sentimientos de Sakura"
Episodio 207 "Un Biju vs un Biju sin cola"
Konohamaru, el nieto del tercer Hokage, expresa su deseo de ser reconocido con independencia de su abuelo, pues todos se la pasan diciéndole ``Honorable nieto´´ y decide hacerse seguidor de Naruto y su forma de actuar. Konohamaru llama a Naruto jefe y Naruto le enseña el jutsu sexy. Además, él y Naruto comparten el deseo de ser Hokage.
Naruto Uzumaki es un ninja adolescente que tiene encerrado en su interior al «Zorro Demonio de Nueve Colas» Kyūbi (9テイルス悪魔フォックス, Kyūbi?). Doce años antes del inicio de la serie, este demonio atacó a la Aldea Oculta de la Hoja, matando a muchas personas. Como consecuencia, el líder de la aldea (el Cuarto Hokage, Minato Namikaze) sacrificó su vida utilizando el Shiki Fūjin para sellarlo dentro de Naruto cuando era un recién nacido, con lo que esperaba detener la masacre. Por ello, Naruto fue víctima de maltratos por quienes lo consideraban como el propio Kyūbi. A manera de solución, el Tercer Hokage (quien tuvo que reasumir el mando luego del sacrificio del Cuarto Hokage) publicó un decreto donde prohibía a cualquiera la mención sobre el ataque del Kyūbi, y quien lo hiciera sería severamente castigado. Doce años más tarde, Naruto se gradúa de la Academia Ninja usando su técnica clones de sombra (影分身の術, Kage Bunshin no Jutsu?), proveniente del pergamino prohibido de la aldea, el cual había robado tras ser engañado por el ninja renegado Mizuki, con el supuesto fin de salvar a su maestro Iruka Umino. Este encuentro le permitió a Naruto percatarse de que él era el recipiente contenedor del Kyūbi, y que había alguien que lo estimaba y lo reconocía moralmente como una persona.